Sono stati fondati da Liam Howlett nel 1990 a Braintree Essex dopo che Keith Flint, Leeroy Thornhill e il dj-musicista Liam Howlett si conobbero a un rave party. Poche ore prima del loro debutto sulle scene entrerà a far parte del gruppo l’mc Maxim Reality, contattato all’ultimo momento dal manager del gruppo che all’epoca era un loro amico. Nacque l’idea di formare un gruppo di dj-musicisti-ballerini per suonare musica da destinare a questo tipo di feste. All’inizio era presente anche una terza ballerina on stage, Sharkey, che mollò il gruppo poco prima dell’esordio discografico perchè non voleva trasformare la sua passione in lavoro. Nel 2000 Leeroy Thornhill smette i panni di ballerino per dedicarsi completamente ad un suo progetto solista in qualità di dj. Il nome del gruppo deriva da un sintetizzatore della famiglia Moog (chiamato per l’appunto Prodigy) che Howlett utilizzava per comporre.
